，但与阿尔梅达勾结的大君和亲葡派在葡萄牙军的介入下稳住了局势，没有武装叛乱，针对异议者的逮捕和迫害有条不紊地进行着。

持续几日，科钦宫廷内针对大君和质疑之声几乎消失，无人敢于公然挑战其权威，取而代之的是对副王和葡萄牙异教徒的敬畏。

副王阁下乘胜追击，向科钦大君索要更多：“曼努埃尔堡还不够坚固、宏伟，为了保证您的安全、稳固您的权威、传播您的威名，我需要足够的建材和劳动力加固和扩建堡垒。”

对于副王的此项要求，科钦大君表现得有些为难，在他的观念之中，石质建筑仅高种姓才能拥有，而面前的这些个外国异教徒则完全脱离于这套等级制度之外。

在阿尔梅达承诺将堡垒的钥匙交给他以示大君对其的所有权后，大君勉强同意将堡垒由木质改建成石质并进行扩建，还专门划出一片土地给后来的葡萄牙移民使用。他决定将这座堡垒作为他和继任者的总部，一切对印度的征服和贸易事务的指令都将从这里发出，贸易活动也应当在这里集中，以便属于葡萄牙的商船攫取利益。

副王除了监督堡垒改造工程之外，还需要搭建在印度的行政框架，葡属印度的行政机构完全就是葡萄牙宫廷的缩小版，在科钦的总部，简易的中枢围绕着他处理各项事务，在好望角以东的要塞则由他各安排一位军事指挥官、一位商业代理人及其助手负责殖民地的运转。

作为葡属印度副王，考虑和安排接下来的军事和探索行动也在他的职责范围之内。经过数周工作，认为科钦不会出什么乱子的他打算与被分出去控制马拉巴尔海岸其他要地的舰队会和，顺便了解当下印度洋形势。